Cette capitulation politique intervient au lendemain d'un camouflet juridique historique : la Haute Cour de Nairobi avait reconnu le ministre coupable d'outrage au tribunal pour avoir délibérément ignoré les injonctions de suspension émises fin mai et début juin.
Visé par une procédure d'outrage qui l'exposait à une peine de six mois de prison et à une amende, le ministre de la Santé a dû comparaître en personne pour présenter ses excuses publiques et acter la suspension du projet.

« J'ai ordonné la suspension immédiate et complète de tout projet de construction, de préparation du site ou d'activités connexes [...] en attendant l'audition et la décision sur la requête de fond », a déclaré Aden Duale devant la juge Patricia Nyaundi Mande.

La magistrate a accepté ses excuses mais a assorti sa décision d'un avertissement solennel, rappelant que « la Cour ne peut permettre que ses ordonnances deviennent lettre morte ». Le gouvernement avait tenté de contourner l'interdiction en affirmant que les travaux se poursuivaient uniquement sous l'égide de l'État kényan pour des raisons d'intérêt national, un argument rejeté par la juge qui a fustigé une « ingéniosité » ma placée face à un ordre judiciaire direct.
La colère citoyenne a franchi un palier dramatique. Depuis l'annonce du projet en mai, la région de Nanyuki est le théâtre de violents affrontements entre les forces de l'ordre et la population locale. Trois personnes ont été tuées lors de ces troubles, dont Sylvester Muigai Ndung'u, un lycéen de 17 ans mortellement touché à la tête par un tir des forces de l'ordre.

Le cœur de la contestation repose sur un argument sanitaire et souverain : le Kenya n'a jamais enregistré le moindre cas d'Ebola de son histoire. L'introduction volontaire de porteurs potentiels d'un virus hautement contagieux et mortel est vécue comme une trahison.

Le centre de 50 lits d'isolement, géré par du personnel médical américain, était spécifiquement destiné à accueillir des ressortissants des États-Unis évacués de République démocratique du Congo (RDC) et d'Ouganda, deux pays voisins actuellement confrontés à de graves vagues épidémiques de la variante Bundibugyo (qui ne dispose d'aucun vaccin ni traitement homologué).
Le projet a cristallisé d'intenses tensions politiques et syndicales :

L'opacité de l'accord : Des organisations de défense des droits, comme le Katiba Institute et la Law Society of Kenya (LSK), ont saisi les tribunaux en dénonçant un projet développé en secret, sans aucune consultation publique ni étude d'impact environnemental et biologique.

La fronde médicale : Le syndicat des médecins kényans (KMPDU) s'est vigoureusement opposé à l'infrastructure. « Nous ne resterons pas passifs à regarder le Kenya être traité comme une colonie de confinement pour un pathogène mortel que nous n'avons pas généré », a martelé le Dr Davji Bhimji Atellah, secrétaire général du syndicat.

Des résonances coloniales : L'opinion publique perçoit l'accord comme une forme d'ingérence où les pays occidentaux externalisent leurs risques sanitaires sur le continent africain.
Malgré les tensions, le président William Ruto continue de défendre l'accord. Il a récemment affirmé à l'agence Reuters que refuser la demande des États-Unis – un partenaire historique du pays – aurait été « inhumain », assurant que cette installation entrait dans le cadre global de la préparation sanitaire du Kenya.

Pour apaiser les esprits, Washington a promis une enveloppe de 13,5 millions de dollars afin de soutenir les efforts de préparation du Kenya contre le virus. Mais sur le terrain, cette aide financière est qualifiée de "marchandage de la biosécurité" par les opposants. Le projet est désormais totalement gelé en attendant que la justice kényane tranche définitivement sur le fond de l'affaire.